Il Gruppo Speleologico San Marco viene fondato a Venezia nell'estate del 1952, presso il Museo di Storia Naturale della città al Fontego dei Turchi. 


A partire dalle ricerche entomologiche in grotta svolte dai soci fondatori, il Gruppo cresce nel corso degli anni '60 dedicandosi alle prime esplorazioni moderne delle aree carsiche trevigiane e bellunesi, fino ad arrivare agli anni '70 quando lo stesso aderisce alla SSI - Società Speleologica Italiana - ed alla Commissione Nazionale Scuole di Speleologia. Il Gruppo diventa così sede della Scuola di Speleologia di Venezia, organizzando corsi a vari livelli. Negli stessi anni dall'iniziativa di alcuni soci vengono fondati altri due gruppi di ricerca ipogea, ancora oggi attivi nelle rispettive provincie.

Nel 1981 è tra i primi gruppi promotori della fondazione della FSV - Federazione Speleologica Veneta - e del Catasto delle grotte del Veneto, associandosi successivamente per alcuni anni con la nuova sezione CAI della città di Mestre.  Alla fine degli anni '80 il San Marco prende parte ad importanti operazioni intergruppo, con campagne studio nell'area dolomitica (in miniere forti e castelli) e partecipando all' Operazione Corno d'Aquilio (Oca) con interventi di bonifica nel famoso abisso della Spluga della Preta (Vr).  

Dagli anni '90 tra i soci del G.S.S.M. hanno operato, ed operano, tecnici del Corpo Nazionale Soccorso Alpino e Speleologico (CNSAS) e, del medesimo, nella Commissione Nazionale del Soccorso speleosubacqueo (oggi ComSub).



Nel corso degli anni 2000, su spinta del Presidente Antonio Danieli, il Gruppo matura un’alta specializzazione in ambito foto-documentaristico stereoscopico (3D) tanto da essere uno dei soggetti fondatori del Team La Salle - International Team Photo 3D - importante associazione internazionale di fotografi ipogei con progetti documentaristici e di divulgazione in diversi Paesi del mondo.

Nell'anno 2003 il G.S.S.M. è ideatore del “Proyecto Bellamar”, vero e proprio gemellaggio multidisciplinare tra diverse Istituzioni Italiane e Cubane, atto a far conoscere ed a sensibilizzare le comunità locali sulla fragilità del fenomeno carsico, sottolineando l’importanza della tutela del patrimonio idrico sotterraneo racchiuso in quel tipo di territorio. Dal 2012 il progetto cresce con l'iniziativa 'Adotta una sorgente' che coinvolge le scuole Cubane in attività di tutela ambientale nella loro regione, instaurando un gemellaggio tra esse ed analoghe scuole Italiane. Il progetto coinvolge oggi una lunga serie di soggetti tra i quali la SSI, la FSV, il 'Consorzio di Bonifica Acque Risorgive' di Venezia, il Team internazionale "La Salle" oltre ad altre associazioni e diverse Istituzioni nazionali Cubane  [vedi pagina Progetti].


Ricostituito formalmente all'inizio del 2014, il Gruppo Speleologico San Marco ha ripreso oggi l'attività esplorativa in alcune opere ipogee e grotte naturali del Veneto, curando parallelamente le sue storiche attività divulgative quali mostre fotografiche, serate culturali con proiezioni documentaristiche in 3D, lezioni ed uscite di accompagnamento in grotta per adulti e bambini  [vedi pagina Attività]. 

Dal 2015 alcuni soci del Gruppo collaborano con le Istituzioni scolastiche Italiane nel progetto internazionale ERASMUS plus "LIVE ON THE KARST", il quale coinvolge le classi di 4 Istituti Tecnici Superiori di 3 nazionalità diverse (Italia, Francia e Slovenia) nello studio analisi e tutela delle acque carsiche nei rispettivi Paesi di origine.  Il progetto si chiuderà a metà 2018 con l'arrivo in Veneto di circa 120 ragazzi stranieri da guidare in grotta per lo svolgimento delle ricerche a loro affidate.     

Nel settembre 2017 il G.S.S.M. ha infine stretto formale gemellaggio con l'A.I.S.F. (Associazione Italiana Studio Fortificazioni) per la condivisione di uscite esplorative (fotografiche e di rilievo) in alcune cavità artificiali di tipo difensivo e militare risalenti al XIX° e XX° secolo.